Le operazioni di scrutinio hanno inizio (articolo 55, della legge regionale 5 dicembre 2013, n. 19): in occasione del primo turno, alle ore 08.00 del lunedì; in occasione del ballottaggio, la domenica, subito dopo la chiusura delle operazioni di votazione. Le operazioni di scrutinio sono pubbliche a pena di nullità (Consiglio di Stato - Sezione IV, 22 giugno 2000, n. 3528). Nel corso dello scrutinio tutti i componenti l'Ufficio elettorale di sezione devono essere sempre presenti (articolo 22, comma 8, della legge regionale 19/2013).
Prima di iniziare lo scrutinio il Presidente riscontra se le schede autenticate non utilizzate per la votazione corrispondono al numero degli elettori assegnati alla sezione che non hanno votato (articolo 54, comma 1, lettera d), della legge regionale 19/2013); le schede avanzate, autenticate e non autenticate, sono depositate nella segreteria del comune (articolo 54, comma 1, lettera f), della legge regionale 19/2013).
Le schede votate sono estratte dall'urna da uno scrutatore, scelto mediante sorteggio, che le consegna aperte al Presidente. Questi legge in primo luogo i voti espressi in favore del candidato sindaco e quindi il voto in favore della lista e le eventuali preferenze espresse (articolo 62, comma 3, della legge regionale 19/2013). È vietato eseguire lo scrutinio dei voti di preferenza separatamente da quello dei voti di lista (articolo 62, comma 6, della legge regionale 19/2013). Le schede possono essere toccate soltanto dai componenti dell'Ufficio elettorale di sezione (articolo 62, comma 7, della legge regionale 19/2013). Il segretario annota ciascun voto nelle tabelle di scrutinio ed enuncia progressivamente il numero dei voti che ciascun candidato alla carica di sindaco, ciascuna lista e ciascun candidato alla carica di consigliere vanno riportando (articolo 62, comma 4, della legge regionale 19/2013).
Le schede bianche, le schede nulle, le schede contenenti voti di lista nulli, le schede contenenti voti di preferenza nulli e le schede contestate sono timbrate sul retro con il bollo della sezione e firmate dal Presidente e da uno scrutatore (articoli 63, 64 e 65 della legge regionale 19/2013).
Chiuse le operazioni di scrutinio, il Presidente conta le schede votate e verifica la corrispondenza del loro numero con quello degli elettori che hanno votato (articolo 66, comma 1, lettera b), della legge regionale 19/2013).
Compiute queste attività, il Presidente proclama i risultati dello scrutinio, certificandoli nel verbale (articolo 66, comma 1, lettera c), della legge regionale 19/2013).
Il Presidente, sentiti gli scrutatori, decide sulla nullità dei voti, sull'attribuzione dei voti contestati, sui reclami, anche orali, presentati e su tutti i problemi che si verificano durante le operazioni (articolo 22, comma 9, della legge regionale 19/2013).
La giurisprudenza ha ribadito che le istruzioni del Ministero dell'interno - nel Friuli Venezia Giulia del Servizio elettorale della Regione - per le operazioni di scrutinio non hanno carattere precettivo ma di mero ausilio, rimanendo in capo agli Uffici elettorali di sezione l'esercizio esclusivo dei poteri stabiliti dalla legge (T.A.R. Molise, 26 giugno 1996, n. 231).